
2025年11月19日、所得税法施行令の改正により、自動車・自転車などの交通用具で通勤する従業員に支給する通勤手当の非課税限度額が引き上げられました。
この改正は2025年11月20日に施行され、2025年4月1日以後に支払われるべき通勤手当に適用されます。

今回の改正内容:非課税限度額がどう変わったか
● 交通機関(電車・バス等)利用者 ⇒ 合理的な運賃等(上限150,000円)で変更なし
● 自動車・自転車などの交通用具利用者 ⇒ 距離区分ごとに非課税限度額が引き上げ
| 通勤距離(片道) | 改正前の非課税限度額 | 改正後の非課税限度額 |
| 2㎞未満 | 全額課税 | 全額課税 |
| 2㎞以上10㎞未満 | 4,200円 | 4,200円 |
| 10㎞以上15㎞未満 | 7,100円 | 7,300円 |
| 15㎞以上25㎞未満 | 12,900円 | 13,500円 |
| 25㎞以上35㎞未満 | 18,700円 | 19,700円 |
| 35㎞以上45㎞未満 | 24,400円 | 25,900円 |
| 45㎞以上55㎞未満 | 28,000円 | 32,300円 |
| 55㎞以上 | 31,600円 | 38,700円 |

改正後の非課税限度額の適用時期
● 新限度額が適用されるもの
・2025年4月1日以後に支払われるべき通勤手当
● 適用されないもの
・2025年3月31日以前に支払われた通勤手当
・2025年3月31日以前に支払われるべきだったが後払いになったもの
・その差額の追加支給

年末調整で必要になる精算
【過去に課税された通勤手当の一部が、新限度額適用で非課税になる可能性があります】
● 精算が必要なケース
・旧限度額では課税対象だったが、新限度額で非課税になる場合
● 精算できない人(中途退職者など)
・確定申告で精算
~年末調整での手続き~
① 新たに非課税となる金額を計算
② 源泉徴収簿に「非課税となる通勤手当」として金額・根拠を記入
③ 給与・手当欄から非課税分を控除して記録
④ 控除後の給与総額を基に年末調整を行う

源泉徴収票の記入
【支払金額欄には、非課税となる通勤手当を除いた金額を記載】
● 既に源泉徴収票を交付している場合
・支払金額を訂正
・摘要欄に「再交付」と記載して再交付
≪ まとめ ≫
今回の改正は、車通勤が多い企業で特に影響が大きい内容です。
人事担当者が押さえるべきポイント
・2025年4月以後の支給分から新限度額適用
・車通勤者の非課税枠が大幅拡大
・年末調整で精算が発生する可能性
・源泉徴収簿・源泉徴収票の記載に注意
早めに給与システムの設定変更や確認を行うことをおすすめします。 

